מיקרו סינון עוסק בעיקר בתחומים הבאים: תעשיית התרופות, תעשיית המזון (ג'לטין, יין, אלכוהול, מיץ פירות, חלב וכו'), מים בטוהר- גבוה, ביוב עירוני, שפכים תעשייתיים, מי שתייה, ביוטכנולוגיה ותסיסה ביו-.
אולטרה סינון שימש בתחילה באולטרה סינון תעשייתי לטיפול בשפכים וביוב. במהלך שלושים השנים האחרונות, עם התפתחות טכנולוגיית סינון האולטרה, היא יושמה כעת בתחומים רבים, כולל עיבוד מזון, תעשיית משקאות, תעשיית תרופות, סוכנים ביולוגיים, תכשירים לרפואה סינית מסורתית, רפואה קלינית, טיפול בשפכי צביעה והדפסה, טיפול בשפכי תעשיית המזון, שחזור משאבים והנדסת סביבה.
היישומים העיקריים של ננופילטרציה כוללים: תעשיית מזון, עיבוד עמוק של צמחים, תעשיית משקאות, עיבוד עמוק של מוצרים חקלאיים, ביו-פרמצבטיקה, תסיסה ביו-, כימיקלים עדינים ותעשיית הגנת הסביבה.
אוסמוזה הפוכה (RO) נמצא בשימוש נרחב במגזרים שונים של הכלכלה הלאומית בשל המאפיינים המתקדמים, היעילים וחיסכון באנרגיה-. הוא מיושם בעיקר בטיפול במים ובריכוז החומרים הרגישים לחום-. תחומי יישום עיקריים כוללים: תעשיית מזון, תעשיית חלב, תעשיית משקאות, עיבוד עמוק של צמחים (מוצרים חקלאיים), ביו-פרמצבטיקה, תסיסה ביו,-תסיסה, הכנת מי שתייה, מים טהורים, מים טהורים, מי ים, התפלת מים מליחים, חשמל, אלקטרוניקה, מים בתעשיית מוליכים למחצה, מים בתעשיית המוליכים למחצה, מים פרמצבטיים למי תהליכים ופרמצבטיים במי תהליכים, תרופות. מים טהורים ללא-פירוגנים, תעשיית מזון ומשקאות, מי תהליכים כימיים ומי תהליכים תעשייתיים אחרים, מי דוד, מי כביסה ומי קירור.
אחרים: בנוסף לארבעת תהליכי הפרדת הממברנות הנפוצים שהוזכרו לעיל, קיימות גם שיטות דיאליזה, שחרור מבוקר, חיישני ממברנה, הפרדת גז ממברנה ושיטות הפרדת קרום נוזלי.